1915年巴拿马运河通航时，美国即根据不平等的《美巴条约》，在运河两岸划出8.05公里的范围为所谓的运河区，美军在这里设立了司令部。到1963年6月，美军将这个司令部正式定名为“南方司令部”。它由陆海空三军和一支持种部队组成，总兵力达1万多人。经过多年的经营，南方司令部已成为除美国本土以外在西半球最重要的军事和情报中心，它与美驻南美洲各使馆和军事机构保持直接联系，其主要任务是注视拉美国家的形势和动向，一旦需要便采取可能的军事行动，同时监督美国对拉美国家的军援。

南方司令部有14个军事基地，其中4个基地对美国极为重要，它们是:建有电子通讯中心的卡莱塔岛军事基地、霍华德空军基地—美国在拉美最大的空军基地、南方司令部陆军总部所在的克莱顿堡军事基地和舍曼堡军事基地—美国最重要的森林训练中心。美国在这块面积为1432平方公里的运河区内建立了一个“国中之国”。这里挂美国国旗，实行美国法律，美国人任总督，巴拿马人不许人内。

巴拿马运河在巴拿马领土之内，主权理所当然属于巴拿马。为了收回运河的主权，巴拿马人进行了长期的英勇不屈的斗争。1977年9月，巴拿马政府首脑托里霍斯将军同当未开始从运河区撤走。不仅如此，自从一直反对新运河条约的里根替代卡特人主白宫以后，美国就企图修改条约，要求巴拿马政府同意美国的军事基地保留到2050年，以便让它继续控制运河；这一要求遭到巴拿马实权人物诺列加的坚决拒绝。